Desde el año 1991, Fundación Merck Salud convoca anualmente las Ayudas Merck de Investigación dirigidas a financiar proyectos de investigación inéditos realizados por equipos de investigadores españoles, en diversas áreas biomédicas.

Cada ayuda, que se otorga a un único proyecto de cada una de las diferentes áreas de investigación, estará dotada con 30.000 euros.

En la concesión de estas Ayudas participa un Jurado calificador compuesto por representantes de sociedades científicas españolas, un representante propuesto por la ANEP y por personalidades de relevancia científica, relacionadas con cada una de las áreas convocadas.